一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
序各论人参防党参西洋参北沙参甘草黄精葳蕤黄芪白术苍术桔梗天麻秦艽柴胡前胡独活羌活防风升麻细辛远志金毛狗脊淫羊藿锁阳肉苁蓉白芨三七地榆丹参元参苦参龙胆草黄连胡黄连黄芩紫草知母贝母白头翁白前白薇白鲜皮白茅
简介大小诸证方论序秘传小儿科方论秘传杂症方论
卷第一孔志约序梁·陶隐居序合药分剂料理法卷第二诸病通用药疗风通用风眩头面风中风脚弱久风湿痹贼风挛痛暴风瘙痒伤寒大热劳复温疟中恶霍乱转筋呕大腹水肿肠下痢大便不通小便淋小便利溺血消渴黄胆上气咳嗽呕吐痰饮宿
序卷上流注指微针赋流注经络井荥说平人气象论经隧周环图手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经足少阴肾经手厥阴心包经手少阳三焦经足少阳胆经足厥阴肝经卷中井荥俞经合部分
简介细目序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八
上品卷第一玉屑玉泉丹砂水银空青曾青白青扁青石胆云母朴硝硝石矾石芒硝滑石紫石英白石英青石脂赤石脂黄石脂白石脂黑石脂太一禹余粮禹余粮青玉白玉髓璧玉合玉石陵石碧石青五羽石石流青石流赤六芝赤箭龙眼猪苓茯苓茯神
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
周序原序卷首女科总论胎产脉候调经章不及期而经先行经过期而后行一月而经再行经行或先或后经将行腹痛经水多少经水紫淡色经闭不行石瘕肠覃崩漏章崩漏经血妄行赤白带下白浊白淫白带辨症种子章保胎辑要总论受胎保护难产
子总论（第一）药性（第二）升药加减（第三）降药加减（第四）升药良方（第五）降药良方（第六）自拟表降备用方（第七）半表半降良方（第八）误降再表方（第九）后（第十）小便赤涩（十一）大便秘结（十二）泄泻（十